L'ammoniac non ionisé est toxique pour les poissons, tandis que les ions d'ammonium sont uniquement toxiques dans des concentrations extrêmement élevées. L'ammonium dans l'eau traduit habituellement un processus de dégradation incomplet de la matière organique. L'ammonium provient de la réaction de minéraux contenant du fer avec des nitrates. C'est donc un excellent indicateur de la pollution de l'eau par des rejets organiques d'origine agricole, domestique ou industriel.
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